Komorien liittovaltion lippu on täynnä symboliikkaa, joka heijastaa maan historiaa ja kulttuuria. Lippu koostuu vihreästä pohjasta, jossa on keltaisia symboleita.
Vihreä väri edustaa Komorien saarten kasvillisuutta ja hedelmällisyyttä. Se symboloi myös islamin uskontoa, joka on merkittävä osa Komorien kulttuuria. Islam tuli saarille arabikauppiaiden mukana varhaisessa vaiheessa, ja se on vaikuttanut vahvasti yhteiskuntaan.
Keltaiset tähdet lippujen yläreunassa edustavat itsenäisyyttä ja yhtenäisyyttä. Niitä on neljä, mikä kuvastaa neljää pääsaarta, joista Komorien liittovaltio koostuu: Ngazidja, Mwali, Nzwani ja Maore (joka pysyi Ranskan hallinnassa).
Lippu kertoo tarinan Komorien monimuotoisesta historiasta, islamilaisesta perinteestä ja saarten keskinäisestä liitosta.